ImPS on myös Suomen Navigaatioliiton jäsen.
Navigaatiojaoston ohjesäännössä on todettu seuraavaa: ”Jaoston tarkoituksena on toimia niiden Imatran Purjehdusseuran jäsenten erityisenä yhdyssiteenä, jotka ovat suorittaneet Suomen Navigaatioliiton tutkintovaatimusten mukaisen laivuritutkinnon tai osallistuvat tällaisen tutkinnon suorittamiseen valmistavaan kurssiin. Tämän lisäksi huolehtii jaosto siitä merellisestä valistustoiminnasta, jota Imatran Purjehdusseuran on sääntöjensä mukaan harjoitettava.”
Seurassa navigaatiotoimintaa vetää ImPS:n syyskokouksen valitsema navigaatiojaostotoimikunta (kokoonkutsujana Jukka Kallonen). Yhteystiedot löytyvät Tietoa seurasta-sivulla.